自由診療における歯科矯正治療は保険適用外ですが、下記のような厚生労働大臣が定める疾患に起因した噛み合わせの異常に対する矯正歯科治療、ならびに顎の外科手術を要する顎変形症の手術前、手術後の矯正歯科治療が保険適用されます。

1. 唇顎口蓋裂
2. ゴールデンハー症候群（鰓弓異常症を含む）
3. 鎖骨・頭蓋骨異形成
4. トリチャーコリンズ症候群
5. ピエールロバン症候群
6. ダウン症候群
7. ラッセルシルバー症候群
8. ターナー症候群
9. ベックウィズ・ヴィードマン症候群
10. 顔面半側萎縮症
11. 先天性ミオパチー
12. 筋ジストロフィー
13. 脊髄性筋委縮症
14. 顔面半側肥大症
15. エリス・ヴァン・クレベルド症候群
16. 軟骨形成不全症
17. 外胚葉異形成症
18. 神経線維腫症
19. 基底細胞母斑症候群
20. ヌーナン症候群
21. マルファン症候群
22. プラダーウィリー症候群
23. 顔面裂
24. 大理石骨病
25. 色素失調症
26. 口‐顔‐指症候群
27. メビウス症候群
28. 歌舞伎症候群
29. クリッペル・トレノネー・ウェーバー症候群
30. ウィリアムズ症候群
31. ビンダー症候群
32. スティックラー症候群
33. 小舌症
34. 頭蓋骨癒合症（クルーゾン症候群、尖頭合指症を含む）
35. 骨形成不全症
36. フリーマン・ジェルドン症候群
37. ルビンスタイン・ティビ症候群
38. 常染色体欠失症候群
39. ラーセン症候群
40. 濃化異骨症
41. 6歯以上の先天性部分（性）無歯症
42. チャージ症候群
43. マーシャル症候群
44. 成長ホルモン分泌不全性低身長症
45. ポリエックス症候群
46. リング18症候群
47. リンパ管腫
48. 全前脳（胞）症
49. クラインフェルター症候群
50. 偽性低アルドステロン症（ゴードン症候群）
51. ソトス症候群
52. グリコサミノグリカン代謝障害（ムコ多糖症）
53. 線維性骨異形成症
54. スタージ・ウェーバー症候群
55. ケルビズム
56. 偽性副甲状腺機能低下症
57. Ekman-Westborg-Julin症候群
58. 常染色体重複症候群
59. 巨大静脈奇形(頸部口腔咽頭びまん性病変)
60. 毛髪・鼻・指節症候群(Trico-Rhino-Phalangeal症候群)
61. その他顎・口腔の先天異常